2003年，巩晓彬退役，执掌山东男篮。 在他的第一个赛季中，他带领球队获得了第六名。 但接下来的两个赛季，山东男篮陷入了新老更替的阵痛之中，连续无缘季后赛。 随着图科和拉米扎纳两位实力外援的加盟，山东男篮成绩回升，连续三个赛季杀入季后赛。 2009-2010赛季cba山东主教练，山东男篮最后一场不敌福建队，以一场之差无缘季后赛。 此后，巩晓彬辞职。

2010-2011赛季，外籍教练鲍勃·韦斯领衔的山东男篮仅获得第11名。 在此情况下，巩晓彬重返山东男篮，并第二次出任球队主教练。 回归后的第二个赛季，巩晓彬达到了教练生涯的巅峰。 他带领拥有三名外援的山东男篮杀入决赛，最终获得亚军。 这也是山东男篮迄今为止在CBA取得的最好成绩。 。 然而接下来的两个赛季，失去三名外援的山东男篮成绩直线下滑cba山东主教练，连续无缘季后赛。 2014-2015赛季，山东高速集团接手山东男篮，制定了三年夺冠的目标。 俱乐部有远大的抱负。 然而那个赛季，山东男篮仅获得第11名，未能进入季后赛。 赛季结束后，山东男篮接替巩晓彬下课。 原山东男篮助理教练、塞尔维亚凯撒成为球队历史上第三位外籍教练。

此后，巩晓彬执教青岛男篮三个赛季。 去年5月，他在与青岛男篮的合同到期后辞职并闲置cba山东主教练，之后又回到了山东男篮。